神話しんわ時代における天皇は、天てんの主宰神である天照大御神あまてらすおおみかみの直系の子孫として、神格化された絶対的な権威を持つ存在である。天孫てんそんの瓊瓊杵尊ににぎのみことが日向ひむかの高千穂たかちほの峰に降臨した「天孫降臨」を経て、その曾孫にあたる神武じんむ天皇が東征とうせいを開始したのである。日向から大和やまとを目指した一行は、瀬戸内せとうちを経て難波なにわに至り、金色の鵄とびの助けを得て長髄彦ながすねひこを討ち果たした。神武天皇は橿原かしはらの地で初代天皇として即位し、ここに日本にっぽんの建国が成ったとされる。続く綏靖すいぜい天皇から開化かいか天皇までの「欠史八代けっしはちだい」を含め、この時期の天皇は長寿を誇り、神々と人間の中間に位置する司祭者しさいしゃとして描かれた。これらの物語は『古事記こじき』や『日本書紀にほんしょき』に記され、皇位の正統性と神聖性を裏付ける不変の根拠となったのである。

第10代崇神天皇、第11代垂仁天皇、第12代景行天皇は纒向遺跡付近にて治世したと伝えられ、実在したならば3世紀後半から4世紀半ばと推定されるが、定かではない。古墳時代における天皇は、大和やまと地方を拠点とする有力豪族の連合政権である大和朝廷やまとちょうていの盟主「大王おおきみ」として君臨した。三世紀後半、箸墓はしはか古墳に象徴される巨大墳丘墓が築かれ始めると、各地の首長を服属させる形で広域的な統治権が確立されていった。五世紀には「倭の五王わのごおう」として中国の南朝へ朝貢を行い、安東将軍などの爵位を得ることで国際的な地位を高めた。特に武ぶと称された雄略ゆうりゃく天皇の代には、その権威が関東から九州にまで及んでいたことが、各地の鉄剣銘から確認できる。六世紀に入ると、継体けいたい天皇が越前えちぜんから迎えられて即位し、王朝の基盤を再編した。この時代の天皇は、武力や司祭的権威を背景に豪族を統制し、後の律令国家へと繋がる官僚制の萌芽を形成したのである。巨大な前方後円墳ぜんぽうこうえんふんは、まさにその強大な支配力の象徴であった。

飛鳥時代における天皇は、それまでの豪族連合の首領という立場から、律令国家の中央集権的な君主へと変貌を遂げた。推古すいこ天皇の代には聖徳太子しょうとくたいしが摂政となり、冠位十二階や十七条憲法を通じて天皇中心の政治基盤が整えられた。その後、中大兄皇子なかのおおえのおうじらが蘇我そが氏を打倒した乙巳いっしの変を経て、孝徳ｖ（こうとく天皇の難波宮なにわのみやにて大化たいかの改新が推進された。さらに壬申じんしんの乱に勝利した天武てんむ天皇は、初めて「天皇」の称号を用いたとされ、神格化された権威を確立した。続く持統じとう天皇の代には藤原京ふじわらきょうが造営され、大宝律令の制定により法に基づく統治体制が完成した。この時代の天皇は、仏教を鎮護国家の柱としつつ、中国の隋ずいや唐とうの制度を導入することで、倭わの王から東アジアに比肩する帝国の統治者へとその性格を大きく進化させたのである。

奈良時代における天皇は、律令制に基づく中央集権国家の最高権威として、平城京へいじょうきょうを拠点に政治と祭祀を司った。元明げんめい天皇による遷都以降、天皇は神の子孫としての神聖性を強調しつつ、戸籍の整備や班田収授法はんでんしゅうじゅのほうを通じて全国の土地と人民を直接支配することを目指した。特に聖武しょうむ天皇の代には、疫病や政情不安を鎮めるために仏教による鎮護国家の思想が重んじられ、東大寺とうだいじの大仏造立が進められた。また、この時期には女性天皇も多く即位し、元正げんしょう天皇や称徳しょうとく天皇が皇位の安定や継承において重要な役割を果たした。しかし、道鏡どうきょうのような僧侶の政界進出が皇位継承の危機を招くなどの混乱も生じた。時代後半、光仁こうにん天皇の即位により天武系の血統から天智てんじ系へと皇統が移り、次の平安時代へ繋がる政治再建の歩みが始まったのである。

平安時代における天皇は、律令制の理念を継承しつつ、時代とともにその政治的形態を柔軟に変容させた。桓武かんむ天皇による平安京へいあんきょうへの遷都後、当初は強大な親政が行われたが、次第に藤原ふじわら氏が外戚として権力を握る摂関せっかん政治が確立した。この時期、天皇は儀式や祭祀を司る象徴的な存在としての性格を強め、国風こくふう文化の発展を支える文化的中心となった。しかし、十一世紀後半に即位した白河しらかわ天皇は、幼少の天皇を立てて自らは上皇じょうこうとして院庁いんのちょうで実権を振るう院政いんせいを開始した。これにより天皇・上皇は、北面ほくめんの武士を組織するなどして摂関家や寺社勢力に対抗し、専制的な支配を再び強化したのである。時代の終焉とともに保元ほうげんの乱などの内乱を経て、政治の実権が平清盛たいらのきよもりら武士の手に移る中でも、天皇は国家の正統性を付与する唯一無二の権威として君臨し続けたのである。